Bộ Tư lệnh Phòng không Không quân đặt tại Bình Nhưỡng, trực thuộc Bộ Tổng tham mưu Quân đội Nhân dân Triều Tiên. Theo tổ chức của Quân đội Nhân dân Triều Tiên, Tư lệnh Không quân tương đương cấp Tư lệnh Quân đoàn Lục quân. Tuy nhiên, số lượng tướng lĩnh xuất thân từ Phòng không Không quân được đề đạt lên các chức vụ cao cấp không phải là ít, chẳng hạn như Bộ trưởng Lực lượng Vũ trang Nhân dân, Nguyên soái Ch'oe Kwang, hay Tổng cục trưởng Tổng cục Chính trị, Phó nguyên soái Jo Myong-rok, đều xuất thân từ lực lượng này.

Tư lệnh hiện tại là Thượng tướng Ch'oe Yong-ho, đảm nhiệm chức vụ từ năm 2014.[9]

Dưới cấp Bộ Tư lệnh Phòng không Không quân là các Sư đoàn Không quân phụ trách theo địa bàn không phận. Biên chế cơ sở tác chiến là các Trung đoàn Không quân. Mỗi trung đoàn gồm có các đơn vị hỗ trợ với biên chế tiểu đoàn (tiểu đoàn hậu cần, tiểu đoàn kỹ thuật...) và các nhóm phi công chiến đấu với biên chế phi đội. Khi tác chiến phối hợp trên không, các phi công thường triển khai đội hình biên đội, tùy theo như cầu tác chiến, phổ biến nhất là biên đội 2 máy bay, số rất hiếm là 3 hoặc 4 máy bay.